由于中小企业部门集中，一般不会有单独的部门或人员来做管理系统的维护工作的。而原有大而全的CRM系统则必须有专门人员进行维护，以确保整个系统的正常运行，这自然与中小企业的人员配制特点产生了矛盾。同时随着企业分支机构的建立，提出了管理上的新问题。
继CRM围绕大型企业应用进行了广泛探讨后，中小企业与CRM的结合成为一个新的市场热点。CRM与占国内企业用户80%中小企业的结合，无疑将大大拓宽其应用和影响范围，CRM也会从高端应用的神坛上走下来，掀起在中小企业中应用的高潮。然而，CRM能否冲破中小企业应用的三大难关，值得每个中小企业用户关注。
其一，系统庞杂，功能闲置。以前人们讨论的CRM系统都是大而全的系统，涉及销售、营销和服务等各个方面，功能复杂，系统庞大。这对业务系统复杂细致的大型企业来说，这样的CRM是其必然的要求，CRM要实现对其业务系统各个方面的满足。但是，对中小企业来讲，由于其业务系统相对简单集中，大而全的系统势必是一笔浪费。
而涉及到功能的取舍，意味着要以通用软件满足个性化的需求。供应商希望用20%的功能满足用户80%的需求，企业希望花更少的钱满足自己更多的需求。解决这个矛盾需要对中小企业的应用需求有着深切的把握，提炼出共性需求，才能做出产品功能的浓缩和取舍。
其二，实施周期长。实际情况表明，大而全CRM系统的实施是一个庞大的工程，要经过长时间调研、规划、实施和试运行，到真正完成要花上两三年甚至更长的时间。这对成长和变化很快的中小企业来说，无疑是不可行的。同时相对于大型企业相对稳定的业务系统，中小企业灵活的业务系统对实施周期提出更高的要求。企业人员不能正确的应用实施势必使CRM很难发挥其应用的功能，相反可能带来负面的影响。事实表明，CRM的许多失败案例都来自与没有得到企业人员的支持。
其三，产品价位高、管理费用高。在投资信息化建设时，资金的投入量是中小企业用户考虑的重点。由于中小企业本身的运营资金相对不多，又加上要实现快速发展，资金需要多方分配，因此动辄几十、几百万元的CRM系统对中小企业来讲，只是"望梅止渴"。
